正如马森之前所分析的一样，六科对于内阁来说是极为重要的。
内阁控制六部，主要就是通过两种方式，第一就是直接控制该部堂官，这样是最方便的，一部尚书是自己人，那当然是最好的办法，不过现在这条对于阁臣来说是很难的。因为毕竟就算是政治盟友，互相之间也有政治利益的不同，人家堂堂一部尚书，总不可能完全没有自己的政治利益吧？部臣和阁臣之间，天然是存在冲突的。
而且阁臣之间的互相矛盾和皇帝的介入会使得这个关系更加复杂，作为皇帝，肯定是要在各个派系之间玩平衡的，阁臣与部臣之间的矛盾，阁臣之间的矛盾都是皇帝利用的机会，在这种情况下，即便是首辅，要想完全控制部臣都是不太现实的。
尤其是吏部、户部、兵部这样的要害衙门，更是各方争取的关键，哪个阁臣都无法完全控制六部，即便是当年的严嵩、徐阶，尚且无法做到，何况现在这帮阁臣呢。
而另外一种控制六部的方式就是通过六科，这种方式对于阁臣来说是很简单的，因为能够当阁臣的，哪个身后没有一帮小弟，李春芳、徐阶这样的自不待言，党羽众多而且来源复杂，有自己的乡党，还有心学门徒，更有自己的门生。
就是高拱、殷士儋这样的阁臣，也有自己的乡党和门生为之奔走，将自己的党羽安排到六科，就是一石二鸟的好事，首先就是控制六科这个打手机关，毕竟现在的各种斗争，科道官都是重要的打手，自己在科道的人越多，喷起来就越有力，文官之间的斗争有时候就是这么朴实无华，看谁能喷，看谁喷的多。
同时科道官的前途都是不错的，也适合安排自己人，借以提拔自己的党羽，同时利用科道的监察大权，直接影响六部行政。这也是阁臣们一贯做法。
现在本来就是科强部弱，再加上阁臣们虽然很难控制尚书、侍郎这些堂上官的人选，但是对于各部的司官还是可以控制的，这就导致一个结果，各派文官分曹为朋，言官与部院诸司官员相互搅和在一起，只有为各自利益而结成的群体，朋党已经初现端倪了。
但是通过控制六科借以影响六部，已经是几代阁臣的惯用做法了，在内阁的默许和支持下，六科大肆扩张权力，从一个单纯的监察机关，变成了内阁控制朝政的重要抓手，要想让内阁自断一臂，显然是不太现实的。
从成化以后，六科给事中在这些事项上积极发表意见，提出建议，甚至有时关于国家大事、政策弊病、民间疾苦，几乎都是由六科给事中最先提出来，六部据此研究覆奏意见，而对于六部的覆奏意见，六科又可以封驳、抄参乃至纠劾，部科关系已经完全颠倒。
六科凌驾于六部，而内阁又操弄六科，六部从大明朝廷的行政机关变成了为六科、内阁的办事机构，而本来是天子耳目的六科，则成为内阁的打手，真是奇哉怪也！
现在王锡爵要求回到原来的制度，剥夺六科不该有的权力，这当然是内阁们不愿干的事情，一旦没有六科的支持，内阁能否按住六部，尚未可知也。
现在六科的权力已经渗透进了六部行政的方方面面，如吏部选官，没有吏科给事中的配合即进行不下去；户部、工部等涉及到财政、工程等方面的事项，必须要有给事中的参与，才能够完成相关程序。以户部派遣官员催督税粮而言，必须要户科都给事中赴司礼监领取勘合批文，官员才能派遣出去。其他部院，包括大理寺、太常寺、太仆寺等的重要工作，也大多类此。