除此以外，还有众多的中外科研团队通过对新冠病毒基因序列的分析，发现新冠病毒与自然界中的其他冠状病毒具有高度的相似性。例如，研究人员发现新冠病毒与蝙蝠冠状病毒RatG13的全基因组序列一致性高达96.2% 。这种高度的相似性表明，新冠病毒极有可能是从自然界的蝙蝠冠状病毒演化而来。
在病毒的刺突蛋白基因方面，新冠病毒的刺突蛋白能够与人类细胞表面的血管紧张素转化酶2（AcE2）受体紧密结合，从而入侵人体细胞。对其刺突蛋白基因的研究显示，这种结合特性是在自然演化过程中逐渐形成的。如果是人为制造，很难精确模拟出这样在自然环境下经过长期进化才形成的基因特征。从进化树分析来看，新冠病毒在基因进化树上与其他已知的自然起源的冠状病毒处于同一分支，且其基因变异和进化规律符合自然病毒的演变特征。科学家们通过对大量新冠病毒样本的基因测序和分析，发现这些病毒在传播过程中不断发生自然的基因突变，这些突变的累积和分布情况与人为制造的病毒特征大相径庭。
随着新冠病毒在全球传播，科学家持续对不同地区、不同时间的病毒样本进行基因测序，监测其变异情况。通过对大量样本的分析，发现新冠病毒的变异是随机且符合自然进化的规律。例如，一些突变位点的出现是由于病毒在宿主细胞内复制过程中发生的自然错误，这些突变的积累和传播方式与人为制造的病毒特征完全不同。如果是人为制造的病毒，不会呈现出这种自然、随机且持续演变的变异模式。
基因测序技术可以检测病毒基因组中是否存在重组事件。研究发现，新冠病毒的基因组结构和组成是自然进化的结果，未发现有明显的人为基因重组痕迹。自然状态下，病毒在不同宿主之间传播时，有可能发生基因重组，新冠病毒的基因组特征显示其是在自然生态系统中经过长期进化和重组形成的，而不是通过人为手段构建的。
基于基因测序数据构建新冠病毒的进化树，能够清晰地展示新冠病毒与其他自然界中冠状病毒的进化关系。进化树分析显示，新冠病毒与其他已知的自然起源的冠状病毒处于同一分支，并且按照合理的进化路径逐渐演变而来。这进一步支持了新冠病毒自然起源的观点，因为人为制造的病毒无法精确地嵌入到这样一个符合自然进化规律的进化树中。
对新冠病毒中一些关键基因位点进行深入研究，如上面所叙述过的，刺突蛋白（S蛋白）的受体结合域（Rbd），也证明新冠病毒乃是自然界进化的产物。基因测序发现，新冠病毒的Rbd区域虽然能够与人类细胞表面的血管紧张素转化酶2（AcE2）受体紧密结合，但这种结合特性是在自然选择压力下逐渐形成的。通过对相关冠状病毒的基因序列比较，发现Rbd区域的氨基酸序列变异是自然进化的结果，而不是人为设计的特定序列。
中国疾病预防控制中心在新冠病毒溯源研究中也取得了关键成果。研究团队对国内多个地区的野生动物和生态环境样本进行了广泛采集和深入检测。通过宏基因组测序技术，在蝙蝠栖息地周边环境样本中检测到了与新冠病毒高度同源的冠状病毒核酸序列，这进一步证实了新冠病毒与自然界中蝙蝠携带病毒的紧密联系。而且，这些发现呈现出病毒在自然生态系统中的传播与演化痕迹，侧面印证了新冠病毒自然起源的观点。
清华大学的科研团队运用结构生物学和生物信息学技术，深入剖析新冠病毒关键蛋白的结构与功能。研究发现，新冠病毒关键蛋白的结构特征与自然界中其他冠状病毒蛋白的进化规律一致，是在自然选择压力下逐步形成的。这种结构上的自然演化特征表明，新冠病毒并非人为设计制造，而是在自然界长期进化的产物。
北京大学有相关研究也支持新冠病毒来自自然界。2020年3月3日，北京大学生命科学学院陆剑课题组和中国科学院上海巴斯德研究所崔杰课题组合作在《国家科学评论》发表《SARS-V-2的起源与持续进化》。研究发现新冠病毒与蝙蝠冠状病毒RatG13基因组总体差异小，但中性进化位点差异大，表明经历强自然选择，且与马来穿山甲冠状病毒分歧事件非近期发生，起源可能更复杂。2020年1月24日，北京大学工学院教授朱怀球团队在bioRxiv预印版平台发表《深度学习算法预测新型冠状病毒的宿主和感染性》，指出蝙蝠和水貂可能是新冠病毒的两个潜在宿主，其中水貂可能为中间宿主，从潜在宿主角度为新冠病毒自然起源提供了科学依据。
2020年2月7日，华南农业大学召开发布会表示，开展溯源工作并对多种野生动物进行分析，通过对病毒的基因组分析，发现分离的病毒株与目前感染人的病毒株序列相似度高达99%，确定穿山甲是潜在中间宿主。比如，2020年2月7日，华南农业大学发布研究成果，通过分析1000多份宏基因组数据，发现穿山甲可能为新型冠状病毒潜在中间宿主。2021年5月7日，华南农业大学及广州动物园研究人员发表论文，从马来穿山甲分离到一株冠状病毒，其E、、N和S基因与SARS-V-2的氨基酸同源性分别为100%、98.6%、97.8%和90.7%，特别是穿山甲冠状病毒S蛋白内的受体结合域与SARS-V-2的受体结合域几乎相同。研究表明新冠病毒SARS-V-2可能是穿山甲-V样病毒与蝙蝠-c13样病毒重组的结果，说明新冠病毒源于自然界。
复旦大学张永振教授团队在新冠病毒溯源研究中指出，武汉华南海鲜市场虽与早期病例关联密切，但因缺乏市场动物样本，难以确定其在病毒起源中的作用。云南发现的蝙蝠冠状病毒RatG13与新冠病毒序列相似度达96%，但关键特征有差异，且自然界冠状病毒存在趋同演化。此外，病毒从蝙蝠到人的中间宿主未知，可能存在隐秘传播，需回溯2019年12月前的呼吸道症状患者样本。这些研究表明，新冠病毒就是自然演化的结果。
中国科学院等机构研究人员则对在武汉华南海鲜市场采集的大量环境和动物样本进行分析，为疫情早期病毒传播情况提供了有用线索。
中国科学院武汉病毒研究所等机构曾对云南中菊头蝠进行研究，发现其携带的冠状病毒与新冠病毒有96.2%的一致性，提示新冠病毒从蝙蝠到人之间可能还存在中间宿主，证明了新冠病毒就是来源于自然界。
在国际组织及权威科研平台方面，世界卫生组织多次组织全球顶尖专家开展新冠病毒溯源研究。联合专家组经过深入调查、分析大量样本与数据后，发布报告明确指出，新冠病毒“极不可能”通过实验室传人，“比较可能至非常可能”经由中间宿主传人，这一结论是基于全球范围内的科学研究与实地考察得出，为病毒自然起源提供了重要的国际组织层面的背书。
美国亚利桑那大学等机构研究人员的报告梳理了来自世界卫生组织等多个渠道的数据和信息，对疫情早期的病毒传播特点进行了解析，发现疫情早期在人群中传播的新冠病毒有谱系A和谱系b两种毒株，基因分析显示两个谱系差异很大，意味着两种毒株都是在动物身上演化而来，然后分别传播给人。
中国—世卫组织新冠病毒溯源联合研究报告指出，在蝙蝠和穿山甲中发现了与新冠病毒基因序列具有高度相似性的冠状病毒，为新冠病毒自然起源提供了有力证据。
国际上最权威的科学杂志《自然》发表了诸多科研团队的成果。例如，有研究对全球不同地区的新冠病毒早期样本进行全基因组分析，构建了详细的病毒进化图谱，清晰展示出新冠病毒在自然界中的传播路径和变异过程，有力地反驳了病毒人为制造论，以科学实证再次确认了自然起源的科学性。《科学》杂志也刊登了相关研究，通过对动物宿主与病毒跨物种传播机制的研究，指出新冠病毒具备在自然生态中从动物传播到人类的生物学基础和进化逻辑。
国际病毒分类委员会（IctV）的研究表明，新冠病毒与其他已知的自然界中的冠状病毒在基因进化树上处于相近分支，其基因特征和进化规律符合自然病毒的演变特点，没有发现任何人为设计或制造的迹象。
2020年3月17日，来自英国爱丁堡大学，与美国斯克利普斯研究所、美国哥伦比亚大学、澳大利亚悉尼大学和美国杜兰大学的科学家们在《Nature die》上发表文章。通过对SARS-V-2及其相关病毒的公共基因组序列数据进行分析，发现病毒Spike蛋白的受体结合域（Rbd）是自然选择的结果而非基因工程产物，且SARS-V-2的骨架与已知的冠状病毒有很大不同，大部分与蝙蝠和穿山甲中发现的相关病毒类似，排除了SARS-V-2来源于实验室设计的可能。
2023年，巴黎生态与环境科学研究所的弗洛伦斯·德巴尔博士及其同事，对中国疾控中心2020年从武汉华南海鲜市场采集的样本数据进行分析，发现浣熊狗的dNA与新冠病毒出现在同一位置，这一发现为病毒的动物起源提供了新证据，尽管不能证明浣熊狗被感染，但这是对现有数据最合理的解释，悉尼大学的埃迪·霍姆斯教授认为这是目前关于病毒动物起源的“最佳证据”。
2021年，包括格拉斯哥大学病毒学家大卫·罗伯逊教授在内的21位研究人员发布报告称，新冠病毒的生物学特性与在自然界蝙蝠中发现的病毒非常匹配，他们认为病毒自然溢出很可能与动物贸易有关，不可能来源于实验室，这是新冠病毒最可能的起源情况。
值得一提的是，美国舆论在新冠病毒起源问题上存在明显分歧。
一部分是精英言论，代表着精英派政治人物以及主流科学界，他们秉持科学态度，尊重主流研究成果，认可病毒自然起源的科学结论。
而另一部分则来自美国的“红脖子”群体，即底层白人。这一群体受教育程度相对较低，更倾向于相信阴谋论。他们常常在一些民粹组织的煽动下，传播毫无根据的谣言，如新冠病毒人造说，并且利用这种阴谋论观点攻击他国，搞“民间舆论战”。
马斯克长期与特朗普关系密切，而特朗普的基本盘很大一部分就是“红脖子”群体。马斯克为了讨好这一群体，推进自己的政治主张，也会散布一些缺乏科学依据的言论，归根到底，都是为了维护自身利益。
所以，在面对类似马斯克这样看似惊爆的言论时，公众需要保持理性和科学的态度，依据科学研究成果和证据来判断，而不是被缺乏依据的言论和自媒体的片面报道所误导。关于病毒起源的研究对于人类找到感染源头、阻断疫情蔓延和避免未来悲剧发生万分重要，应该基于科学去探寻，而不是被用于无端指责和政治操弄。只有尊重科学，才能在探索真相的道路上不偏离方向，避免被不实信息干扰，共同维护科学的严谨性和社会的理性氛围。
……
比尔·盖茨的目光在屏幕上逐字扫过，随着阅读的深入，他的神情从最初的专注变为了由衷的赞赏。读完后，他靠向椅背，轻轻呼出了一口气，由衷的感慨道：“这篇文章写得太精彩了！逻辑严谨，论据充分，把我一直想表达却没机会系统阐述的观点都清晰地呈现出来了。”
他微微皱起眉头，眼中带着一丝无奈与愤懑：“这些年，我和慈善基金会在公共卫生领域投入了大量心血，尤其是在疫苗研发和疾病防控上，本以为是在为全球人类谋福祉，没想到却被无端指责。马斯克的言论，不仅伤害了我个人，更让那些真正需要帮助的人对我们的工作产生了怀疑，这是我最不愿意看到的。”
盖茨的目光重新回到屏幕上，手指轻轻敲击着桌面：“这篇文章从科学依据、政治背景等多个角度进行剖析，把真相一层一层地剥开。那些关于新冠病毒自然起源的研究成果，每一条都有理有据，有力地反驳了马斯克的谬论。像众多科研团队对新冠病毒基因序列的分析，还有国际组织、权威科学杂志发布的研究报告，都铁证如山，证明病毒就是来自于自然界。”
他抬起头，看向张启，眼神中满是感激：“在这个谣言漫天飞的时代，能有这样一位科普作家站出来，用科学和理性发声，真的太可贵了。这篇文章要是能让更多人看到，相信会有不少人改变对疫苗公益项目和病毒起源的看法。我觉得，我们可以考虑和这位作家合作，把这些真相传播得更广，让更多人了解到疫苗研发背后的艰辛和意义，以及病毒起源的真实情况。”