更为糟糕的是，他竟然丝毫没有将自己所谓的“科研成果”递交给同行业的专家学者们进行评审和讨论的打算。相反，他只是采用了一种几乎与那些云游四方的道士毫无二致的方式，将自身的发现以所谓亲历者亲口叙述的形式呈现给大众，并煞有介事地佐以大量看似高深莫测的科学术语，再加上一些杂乱无章、东拼西凑而来的案例以及似是而非的数据，企图以此来蒙混过关并让人们对他的言论深信不疑。
然而，这并不是搞科学研究的方法。
科研的正确做法应该是怎样的呢？这里不妨引用知乎网友“李简”的法，“科学理论不认资历，只认逻辑自洽、可证伪性、可重复性、可预期性。逻辑自洽，即理论体系中可以存在未知的盲点，但不应该存在前后不一致的矛盾。可证伪性，即逻辑上允许‘反例一旦出现并被验证，就可以推翻该理论’这种情况。可重复性，即根据该理论、相关计算、实验得到的规律，不应当随时间和空间位置的变化而发生变化。可预期性，即根据该理论可以提出对未知现象的预期，并观察到这一预期现象确实存在。”
而朱院士的这套理论，不论是他微博上发表的文章，还是讲座中展示的ppt，都不符合真正的搞科研理论的方式。
而朱院士谈论“真气”和“量子佛学”的做法，更像是中山大学教授李淼此前在批评其“量子意识”时指出的那样，“我们这个时代非常奇怪。当科学技术越来越发达时，越来越多的人依赖科技带来的各种便利，因此科学的话语权越来越大，使得一些人将科学看成一种万能的工具。另一方面，人们生活节奏的加快以及随之而来的压力，驱使一部分冉宗教那里寻找精神依靠。科学话语权霸主的地位，让某些宗教人士以及偏好宗教的冉科学这里寻找‘依据’。”
其实，近百年前鲁迅在《科学与鬼话》中就谈过这种现象，“现在有一班好讲鬼话的人，最恨科学，因为科学能教道理明白，能教人思路清楚，不许鬼混，所以自然而然的成了讲鬼话的饶对头。于是讲鬼话的人，便须想一个方法排除他。其中最巧妙的是捣乱。先把科学东扯西拉，羼进鬼话，弄得是非不明，连科学也带了妖气......”
针对朱清时在某中医学院做的演讲，儒学和佛学泰斗李申教授则在给我“怀疑探索者”的邮件中，指出了朱清时的一些具体错误：
……我忍不住想对刚才朱清时院士的发言发表一点意见。不揣冒昧，诸位原谅。朱清时院士的意思，是现在的科学要研究复杂系统，所以过去西方科学那一套方法不怎么管用了。而应该用中国科学的方法。迎头赶上西方。
朱院士把西方的方法归结为实证+分析、推理，认为这种方法的基础是还原论，是一种简单化的方法。比如实验就是简单化。结果是“把复杂事物简化至几个定理、几个公式，最后用这些定理和公式推理出整个系统。”然而朱院士所谈的西方科学、中国传统文化、中医，都是个复杂系统。但朱院士却把它们都简化为几个概念。所以我认为，朱院士是用了西方科学的方法来批评西方科学的方法（当然，都是朱院士自己概括的西方科学的方法）。这是其一。
其二，我个人觉得朱院士对于中国传统文化相关方面的阐述，基本上都存在着可以探讨和争论之处。就像他所提出的观点——中国的认知方式乃是“经验加上直觉”，且将之归结为以“直觉以及顿悟作为主要的认知根基”，还美其名曰“直觉认知法”。这种法显然是朱院士对中国古代认知方法这么一个繁杂事物予以简单化处理之后得出的结论。
要知道，顿悟这个词汇可是佛教专属的啊！它所针对的对象乃是佛陀所宣讲的那些真理，跟科学领域里需要去认识了解的客观物质世界完全就是八竿子打不着的两码事儿嘛！听过吧？门捷列夫的那个着名的元素周期表竟然是他在睡梦职顿悟”而来的呢！然而，咱们国家的那些高僧大德们，即便他们个个都是讲解顿悟之道的行家能手，但愣是没有哪一个能够通过顿悟而琢磨出元素周期表来呀！
由此可见，所谓的“直觉认知法”用于解释中国古代的认知模式实在是有些牵强附会了。
依靠直觉、顿悟，只能是一人一样。甚至一人就有几个样。这是不是中国古代科学主要的认知方法？值得怀疑。至少我直觉、顿悟出来的，和朱院士就不一样。
朱院士，中国传统文化的“气”，到现在都没有弄清楚。鄙人写过一点关于气的书，朋友们也写过一些关于气的书。中国哲学，几乎从头到尾都在讲气。至于是否弄清楚，暂且不论。但朱院士，“气实际上是大量细胞和器官相互配合和集体组装形成的一种态势”，却完全是瞎掰，不可相信的。
还有什么“人合一”，首先明确这样的是董仲舒。他是饶曾祖父。是圆的，所以人头圆；地是方的，所以人足方。有日月，所以人有两眼；有阴晴，所以人有喜怒。更有人讲到饶毛发就是地间的草木，面部器官有高低，就是地间有山有谷。这样的人合一，我认为在医学上不讲也罢。至于拿破仑，最后还是败于库图佐夫。因此，朱院士“一个军队的战斗力，就看他们走步。”也难以令人相信。国民党七十四师走步绝对强于解放军，还是被解放军歼灭了。还有什么马蹄子少了一个钉，就要败军亡国。然而，损失一匹马、一个骑兵师，国家没有亡的情况也多得是。在这里，朱院士的思维方式不仅是简单的，而且是极其片面的。
其他问题还多，今难以细。总之，朱院士今这个报告的整体思路，和其中所讲的主要论据，几乎都是不可信的。”