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顾准与顾秀林在思想层面存在诸多差异，具体体现如下：
经济理念：
顾准是中国社会主义市场经济理论的先驱，1956年就开始研究商品货币和价值规律在社会主义经济中的地位问题 ，他在《试论社会主义制度下商品生产和价值规律》中指出，计划体制无法完全消灭商品货币关系和价值规律，主张以市场价格的自由涨落调节生产，为中国日后的市场经济发展奠定理论基础。
而顾秀林在思想上属于“极左”，其对市场经济持有异议，她更推崇计划经济模式，强调国家对经济的全面把控，认为市场经济是错误的模式。
对西方经济制度的态度：
顾准对西方经济制度进行了深入剖析，认可西方市场经济在资源配置、激发创新等方面的积极作用，倡导中国合理借鉴，推动自身经济发展与改革。
顾秀林则对西方经济制度充满彻底的质疑和否定，着重批判西方经济制度的剥削性与掠夺性，坚决抵制中国学习西方经济模式，尤其是反对市场经济。
学术研究方向：
顾准的研究领域广泛，涵盖会计学、经济学、政治学和哲学等。他在会计学领域成就斐然，出版多部专业着作，如《银行会计》是中国第一本银行会计教材 ；在经济学方面，其市场经济理论对中国经济体制改革影响深远；在历史和哲学研究中，也有着独特见解，《希腊城邦制度》《从理想主义到经验主义》体现了他对人类文明发展和政治哲学的深度思考。
顾秀林主要集中于农业经济、发展经济学以及社会文化批判等领域，反对全球化，关注食品安全（特别是转基因食品）等问题，在食品安全上大量引述阴谋论
对科学技术应用的看法：
顾准秉持科学理性精神，对科技发展持开放态度，认为科技是推动社会进步的重要力量，积极鼓励将科学技术应用于经济建设和社会发展中，推动生产力提升。
顾秀林则对部分科学技术应用存在诸多顾虑和反对，尤其在转基因技术方面，她坚决反对转基因农业技术应用，认为转基因作物无论是作为食物还是饲料，都会干扰和破坏动物或人的生命结构，破坏生态平衡 ，她甚至反对现代医学和疫苗，认为这些都存在安全隐患。
对传统与现代的态度：
顾准倡导以现代市场经济和科学理性精神改造传统社会，推动中国现代化转型，主张打破传统束缚，积极吸收现代文明成果，实现社会进步。
顾秀林虽也关注中国发展，但更注重从传统文化中挖掘价值，对现代化进程中的一些现象持保留态度，担忧传统价值观在现代化浪潮中丧失，比如她推崇原始农业，反对现代农业中部分依赖工业化和科技的发展模式。
学术研究方法：
顾准做学问注重实证研究与理论分析结合，通过观察和分析实际经济现象，获取一手资料，进行严谨的理论推导和论证，提出建设性理论观点，为经济发展提供理论指导。
顾秀林在研究中更倾向从宏观社会、文化角度出发，以传统文化的视角解读经济和社会问题，她的观点常与主流学术界截然不同。例如，她从哲学和生态中心主义等角度反对转基因技术，缺乏科学实验依据的支撑。
对国际经济秩序的观点：
顾准主张中国积极融入国际经济体系，利用国际市场和资源，加强国际经济合作，在全球经济发展中实现自身发展，提升国际竞争力。
顾秀林则批判当前国际经济秩序的不公平性，认为强国在其中占据主导。
对民间经济活力的看法：
顾准重视民间经济活力，认为应给予民间经济充分发展空间，减少不必要的行政干预，发挥市场主体积极性和创造性，激发市场活力，促进经济多元化发展。
顾秀林更强调国家对经济的主导作用，担心民间经济的过度发展，主张国家加强对经济的管控和调节。
对经济全球化的态度：
顾准以前瞻性的国际视野，一定程度上肯定经济全球化带来的机遇，鼓励中国积极参与国际分工与合作，在全球化进程中获取资源、技术和市场，实现经济快速发展。
顾秀林对经济全球化持则反对态度，认为经济全球化背后隐藏着西方国家的经济侵略和文化渗透。
学术影响力：
顾准的思想在改革开放后得到广泛传播和重视，对中国经济理论和实践发展起到重要推动作用，是中国思想解放和经济改革的先驱之一，众多学者受其思想影响，其理论为中国经济体制改革提供重要理论依据。