2012年12月，在两院资深院士联谊会组织的转基因作物论坛上，中国工程院院士陈君石认为，转基因作物并不属于食品安全问题。食品安全问题主要是指含有毒有害物质以及对人体健康有害，但转基因作物并不含有毒有害物质。到目前为止，也没有科学证据证明其对人体健康有影响。
“人们之所以认为转基因不安全、不敢吃，主要还是不了解转基因技术。”陈君石认为，转基因食品的安全性评价是以科学为基础的，我国对于转基因作物的评价内容涵盖了国际食品法典委员会等组织颁布的《转基因作物食用安全评价指南》里的所有内容。
陈君石说：“至今尚未发现转基因食品对人体健康造成任何急性、亚急性或者慢性危害。” [26]
2012年12月6日，中国工程院院士陈君石表示，经过严格审批和监管的转基因食品，并不存在有毒有害物质，转基因食品本身不构成食品安全问题。但是曝出“黄金大米”事件，会严重拖延中国转基因作物的研究开发，这是非常不利的事情。
陈君石称，“转基因研究会因此被拖延。我估计农业部对中国自己研究发明的转基因作物的批文，会延期。不是因为科学，而是由于压力。媒体的、消费者的、领导的、官员的压力。压力是不讲道理的。” [98]
陈君石指出，转基因作物的研究开发，下一步能否加速，取决于政府，不取决于科学家。“政府下决心，科学家才能使劲。政府不下决心，科学家使不了劲。形势很清楚，没有别的灵丹妙药，这是不现实的。” [100]
2013年2月，陈君石院士谈及食品安全问题时说，“实际上，近几年有关食品安全的报道和信息，其中不乏不科学、不客观，还有某些所谓专家不负责任的言论，从而造成以讹传讹，进一步加剧了老百姓的恐慌情绪。”陈院士说，由于信息渠道不通畅、信息不对称，加上消费者自身不太可能具有相关专业知识，消费者对于食品安全问题产生了很多误解。例如，认为食品安全就要“零风险”，认为超标产品就等同于有毒产品，等等。“因此，必须畅通食品安全信息渠道，建立起有效的食品安全风险交流机制。” [29]
2013年3月，陈君石对表示记者：要真正解决中国的食品安全问题，需要解决目前农产品分散种植、畜牧产品分散养殖的现状，需要改变食品加工企业小、散、乱的现状。只要有这个背景存在，就不可能指望几年之内，我国不再出现食品安全问题。 [30]
2013年5月，陈君石表示，食品生产经营者是食品安全的第一责任人，安全的食品是生产出来的，不是靠监管出来的，更不是检测出来的。 [31]
陈君石还表示：需要告诉公众有关转基因、转基因作物、转基因生物安全等方面的知识。天然食品不等于就是安全食品，食品安全不存在零风险。转基因食品不构成食品安全问题，因为：转基因食品不含有有毒有害物质；另一方面，转基因作物的研究、开发有一整套严格的监督管理程序，在生产方面，也有确定的生产规范和严格的管理要求，这和其他传统产品的生产是一致的。 [88]
2013年6月21日，陈君石院士说：黑龙江大豆协会领导的转基因大豆致癌说，完全没有用流行病学的证据，也没有任何因果关系。 [93]
陈君石指出：关于转基因食品的安全性评估，监督和管理，包括检测监测都由农业部门来管，国家食品安全风险评估中心职责也没有这项(职能)，农业部门对它的安全性有风险控制措施。 [107]
2013年6月，黑龙江大豆协会一位负责人称“食用转基因大豆油的消费者更容易患肿瘤、不孕不育病”，中国工程院院士、食品安全专家陈君石表示，把这两件事结合到一起毫无根据，转基因大豆诱发癌症的说法在流行病学上没有证据，到目前为止也没有任何科学证据证明转基因食品对消费者的健康造成危害。 [33] 陈君石指出，转基因大豆和癌症高发两者之间有因果关系的说法，某种意义上说是毫无根据。 [34] 陈君石还强调说，转基因大豆油中甚至不存在转基因成分。“转基因大豆油是能吃到的最常见的转基因食品。严格来讲，转基因大豆油里不应该检测出任何转基因成分，因为基因是蛋白质，蛋白质在大豆精炼成油中，已经剔除了。食品安全监管部门的检测方法很高明，哪怕极微量蛋白质从大豆进入油里都能检出来。” [35］
2013年7月13日，在转基因大米自愿品尝活动上，陈君石院士指出，基因无所不在，转基因没那么可怕，在国际上通用的名词是“现代生物技术”，且基因改变这件事情也不新鲜，袁隆平院士的杂交水稻就改变了基因。
他批驳“闪电式批准”转基因大豆进口的说法，指出在我国至少需要两三年才能批准转基因品种进口，且安全性评价实验中还要把所含的转基因人为放大，进行过敏实验、模拟胃液消化吸收实验、大鼠90天喂养实验等，是一件很严格的事情。
“转基因作物在农业上的应用是大势所趋。”陈君石认为，说转基因作物安全问题没有定论是完全错误的。作为科学家只能说，到目前为止没有任何证据表明转基因的作物对健康是有害的，那这就是安全的。 [37]
2013年7月22日，在“第七届两岸三地食品安全与人类健康研讨会”上，陈君石指出，“我国政府部门在食品风险交流这一环节上，还有待改进。”
陈君石认为，食品监管的目标是控制风险。国际通用的食品风险分析框架由风险评估、风险管理、风险交流三部分组成。其中，风险评估是由专家完成的，这种评估不受政治、经济、饮食文化等因素的影响，评估的结果放之四海而皆准。
针对食品风险交流，陈君石建议，各级政府设立风险交流部门，给予人员、经费支持，加强与媒体的沟通，使专家的风险评估信息准确地传达到媒体、公众那里，消除专家与公众之间的信息不对称问题。 [38]
2013年7月，陈君石表示，“现在老百姓经常谈论‘我们还能吃什么？’这句话是错误的。它具有很强的误导性，往往会造成消费者的恐慌。” [39]
在7月份，陈君石参加院士联名信，他认为对转基因的误解来自于对这些程序的了解不够，陈君石说：“我从官方了解到，我国转基因信息将逐步公开。”
陈君石院士呼吁各级政府设立风险交流部门，像美国FdA、欧洲食品安全局那样，更及时、透明地向公众发布信息，从而消除专家与公众间的信息不对称。 [40]
陈君石说，“由于我们缺少政府和民间两部分专门从事风险交流的机构和部门，所以我们现在风险交流的力度非常弱，以至于消费者会造成各种各样的误解。”陈君石举了例子，“比如说转基因食品。” [41]
陈君石认为，有效传播科学信息，让消费者走出认识误区也很重要。从政府到民间都应该建立食品安全风险交流的机构和平台，加强公众对于食品安全问题的科学认识。“尽管困难重重，但重建人们的食品安全信任完全有可能。” [45]
2013年12月1日，在首届转基因嘉年华活动上，陈君石表示，目前针对转基因食品的科学实验都是预设它们是有问题的，但结果是没检测出来问题，因此他认为转基因食品可以放心食用。 [48]
陈君石表示，世界上所有国家的政府对转基因食品研发都有一套严格的规定，中国也是如此。一个转基因的作物或者动物，从实验室研究开发，一直到最后上到消费者的餐桌起码要8-10年，这是一个严肃认真的过程。陈君石认为很多人的误解来自于对这些程序的了解不够，“我从官方得到的消息是，所有这些流程和程序会更加透明，逐步公开。”
陈君石还说，转基因是现代生物技术，把外来基因转到原有的东西里面。实际上，农业上任何一个新品种的出现一定是基因改变的结果，包括杂交水稻。我们吃进去的粮食里边都有基因，到了胃里消化时是不区分基因和转基因的。基因不可能整合到人的身体里，人吃猪肉就会变成猪吗？ [49]
问及转基因作物评估与传统作物的不同，陈君石答：目前，针对转基因作物，大多数国家都建立了特定系统来严格评价，而对传统作物一般不开展类似评价。因此，这两种作物，在投放市场前的评价程序存在差别，转基因作物的安全性评估远比传统作物严格。 [50]
被问及“”为什么转基因争议这么大”，陈君石院士说：食品安全大家都很关注，转基因项目投入资金不少，但科普这块儿不多，而且现在还被停止了，导致公众认识不足，出现现在这个局面。这本来是一个科学问题，但现在不是一个科学问题了。在这个问题上，科学家被打败了。 [51]
针对转基因食品的安全问题由哪些部门来管理的问题，陈君石院士表示，国务院规定农业部负责所有转基因作物和动物的研究、开发、试验等等，但卫生部门的科学家也会参与到安全性的评价中。比如中国疾病预防控制中心营养与食品安全所，还有国家食品安全风险评估中心，“所以这不仅仅是农业部或者是卫生部门的事，国务院其他部门也有参与。” [108]
2014年1月，陈君石院士认为，媒体的错误报道对大众健康带来的风险远远大于食品安全问题本身。信息的不对称、食品科学知识的匮乏是造成媒体误导的重要原因。 [53]
2014年4月，针对花生油打着非转基因旗号，陈君石表示，这一行为是不正当竞争行为，是企业迎合舆论误导消费者消费行为的一种手段。 [55]
2014年6月8日，陈君石院士接受《中国食品安全报》采访，被问及“解决我国食品安全问题的根本途径”，陈君石表示：没有规模化的生产就不可能规范化，更谈不上标准化。生产结构要发生根本性的改变，才能够从根本上解决我们的食品安全问题。 [109]
陈君石指出，自己曾经说过的“食品安全方面中国是全世界监管力度最强的国家”系被断章取义的误读，目前中国的食品抽样检验数量是全世界最多的，但不应过度依赖抽样检验，针对食品安全问题，不仅要政府监管，更需要食品生产经营者诚信守法。 [87]
2015年6月，陈君石说，“微信上的一些自媒体，已成为谣言和不实信息的“放大器”。这些谣言对实际生活和社会产生的危害远远超过所谓风险对人们健康的损害。” [64]